L’histoire du projet XX commence en pleine guerre froide. Une nuit, un scientifique rêve d’une armée d’êtres humanoïdes capables de se régénérer dont les yeux rouges possèdent le pouvoir de paralyser de douleur puis de tuer leurs adversaires en faisant résonner dans leurs têtes des ondes à très haute fréquence. Obsédé par cette idée folle, lui et onze de ses collègues scientifiques se lancèrent dans le projet fou de créer des êtres capables de tels exploits à partir de cobayes humains pour servir la guerre. Au fil des expériences, les sujets femelles se révélaient plus aptes à la « synchronisation » que les mâles et prirent une position de choix dans l’expérience. C’est ainsi que le projet XX vît le jour, faisant référence au double chromosome X de la femme.

Le temps passa, laissant la guerre froide derrière lui, mais les scientifiques poursuivirent leurs expériences  jusqu’au jour où le sujet XX. 00014 réussit l’étape de synchronisation. Ce même jour bon nombre d’autres cobayes, dont les sujets XX. 00015, XY. 00050 et XY. 00051, furent transférés pour les expériences d’un confrère scientifique basé à Tsukuba au Japon, le professeur Kishimoto. Perdant ses seuls « camarades » le sujet XX. 00014, qui semblait toujours doué de faibles sentiments affectifs malgré le lavage de cerveau et les manipulations neurologiques, n’eut plus qu’un seul objectif logique : les retrouver. C’est lors de sa 200ème opération, la veille de l’aboutissement total du projet, que le sujet s’est enfuit du laboratoire basé près de Seryshevo en Russie. Depuis ce jour, le sujet s’est elle-même renommée Aergis et poursuit son exil pour rejoindre les seuls êtres pour lesquels elle est capable d’éprouver des sentiments.

Aujourd’hui, Aergis se trouve sur le sol japonais et rôde à Tsukuba là où enseigne le professeur Kishimoto. Chaque jour la rapproche d’avantage de son objectif et apporte autour d’elle son lot d’alliés ou d’ennemis. Malheureusement, le temps presse car les scientifiques créent des sujets de plus en plus spéciaux et la vie de chacun est menacée.

En parallèle, avec la bombe atomique, des spécimens aux capacités étranges firent progressivement leur apparition dans le reste du monde. En effet, les radiations en présence dans l’atmosphère provoquèrent des mutations au fil des nouvelles générations, produisant ainsi des « mutants » naturels. Comprenant à cet instant le pouvoir des radiations, certains scientifiques, tout comme les membres du projet XX, s’en servirent pour produire eux-mêmes des mutants mais aussi des ESPers grâce à des méthodes de plus en plus évoluées. Ainsi, bien que ses membres ne le soupçonnaient pas au départ, le Projet XX ne fut pas le seul à tenter de produire des êtres humains aux pouvoirs extraordinaires, parfaits ou invincibles. Cependant, il présente une originalité certaine de par son objectif qui est d’allier capacités de mutants et d’ESPers.

A l’époque d’Hiroshima, l’apparition de « mutants » était insignifiante, nourrissant des légendes urbaines que peu prirent au sérieux. Mais l’accident de Tchernobyl, puis celui de Fukushima récemment, provoquèrent une croissance sans précédent pour cette nouvelle espèce, alimentée parallèlement par les laboratoires qui créent en masse des mutants. Leur croissance fut telle que des mesures furent rapidement prises pour canaliser cette affluence mettant en péril la population. Des solutions très diverses furent proposées par les différents gouvernements. Certains exercent aujourd’hui une politique anti-mutants stricte, visant parfois à les neutraliser, tandis que d’autres tentent de développer une politique de coexistence durable. Actuellement, dans la plupart des pays développés les mutants et ESPers sont simplement confinés dans des quartiers dédiés, mais le droit de sortie n’est pas accordé dans tous les états. C’est le cas pour la zone Overwatch, présente sur le sol Japonais, qui recueille de gré ou de force les mutants et ESPers localisés dans le pays pour les y confiner. Cette zone est en réalité l’une des premières zones de quarantaine effective après Hiroshima et Nagasaki et la première à avoir signalé l’apparition de mutants parmi les réfugiés. Elle se transforma rapidement en zone de confinement pour les mutants avant de devenir la prison à grande échelle qu’elle est aujourd’hui.

Au sein de ce monde, les protagonistes sont ainsi plongés dans un monde moderne divisé entre les humains et les surnaturels. L’enjeu est désormais de décider qui souhaite et qui mérite de survivre.